不断深化管理体制和运作机制的改革，是教育部建立文科重点研究基地一项核心目标。我所实行的管理体制和机制如下：
1.建立研究人员聘任制 我校中东所的研究人员，不论专职、兼职，均打破终身制，实行聘任制。所有人员带（或给）课题进所，完成课题出所，形成流动机制。人员的选聘，着重考察科研能力和科研实绩。项目签定合同，由所学术委员会定期评定研究人员的成果，分中期考核和最终鉴定两道程序。
2.实行所长负责制 中东所所长由校长聘任，任期3年，负责研究所的日常工作，与研究人员签订项目合同，检查课题进展情况等。所长定期向主管校长汇报工作。
3.专职与兼职相结合 中东所拟聘任15名专职人员，同时从国内外聘请10名左右兼职人员。校外（包括海外）的兼职人员遴选办法和考核办法，与校内兼职研究人员相同。
4.统一规划与自主选择相结合 中东所的研究工作既有统一规划，统一课题，又尊重学术研究的客观规律和研究人员的自主性，容许研究人员在充分论证的基础上，围绕中东政治、经济、文化、大国中东战略和政策，中国与中东有关国家关系等，提出自选课题。这类课题的管理，与中东所统一规划的课题相同。
5.图书资料、技术设备建立管理责任制 所有图书资料、技术设备均有专人管理，管理人员要熟悉业务，接受所长考核。图书资料按标准化方式管理。
